复名东南 创建一流
1988年，南京工学院复更名为东南大学，开启了新的历史篇章。2000年，东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。学校现已成为一所工科为主要特色的综合性、研究型大学，是国家“985工程”和“211工程”重点建设大学之一，2017年入选世界一流大学建设A类高校名单。百廿年来，东南大学始终心怀天下、心系祖国，为科学进步、民族复兴而自强不息、追求卓越，形成了“严谨、求实、团结、奋进”的优良校风和“以科学名世、以人才报国”的办学理念，恪守“止于至善”校训，凝心聚力，锐意进取，向着建设世界一流大学的目标团结奋进。
1988年6月6日，南京工学院复更名为东南大学庆典现场
辟建新区 四校合并
1988年东南大学越江北上，在浦口建设新校区，拓展了办学空间。1990年，第一批1990级1500名新生入驻。
学生入驻浦口校区（1990年）
2000年4月14日，经教育部和江苏省人民政府批准，东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。四校合并对东南大学医科的恢复、交通运输等学科的快速发展都起到了重要的作用。
四校合并大会
进入“211”“985”工程重点建设行列
东南大学1995年顺利通过国家教委和省政府组织的“211 工程”部门预审，入选首批“211工程”重点建设高校。2001年2月,教育部和江苏省人民政府签订了“关于重点共建东南大学的决定”，东大正式进入“985工程”重点建设的行列。
立德树人 育就英才
东南大学把人才培养、立德树人作为办学的根本任务，本研并重，积极探索人才培养规律，创新人才培养模式，持之以恒地推进教育教学改革。秉承“重基础、重实践、重素质”的教学传统，东南大学构建起通识教育基础上宽口径个性化专业培养知识体系和德智体美劳全面培养体系，教育教学声誉卓著。在新时代，学校将贯彻“学术至上、生为首位、师为根基”的育人理念，持续推进一流本科教育行动计划，努力造就具有家国情怀和国际视野、担当引领未来和造福人类的领军人才。
1993年，《光明日报》《中国教育报》等多家报纸纷纷报道东南大学在全国率先实行招生和奖学金制度改革
在1996年、2008年、2017年的三次本科教学工作评估中，东南大学均以优秀成绩顺利通过
“三制五化”创新育人模式
2019年3月，东南大学启动《2020一流本科教育行动计划》，提出“三制五化”培养模式改革，重构通识教育基础上宽口径个性化专业培养新体系。
2022年10月，学校开启了“立德树人的东大使命和生为首位的东大行动”为主题的新一轮教育思想大讨论。2022年12月2日，黄如校长参加东大第六届校长学生事务特别助理第二次座谈会暨教育思想大讨论研讨会，与学生亲切交谈并合影。
学校高度重视优秀文化的传承与创新，继承优良传统，赓续红色血脉，开展了一系列文化活动，传承东大文脉和东大精神，陶冶师生情操，培育人文素养和创新能力，构建起具有东大特色的“文化育人”体系。
2001年、2007年，东南大学分别在第七届、第十届“挑战杯"全国大学生课外学术科技作品竞赛中捧得挑战杯
2018年12月25日，江苏省第二届“马克思主义·青年说”闭幕式暨东南大学专场在东南大学隆重举行
科学名世 学科攀升
东南大学践行科技报国，始终坚持“四个面向”，服务国家战略，抓住国家“211”“985”工程的重要发展机遇，艰苦奋斗，在实践中形成了具有东大特色的学科建设和科技创新之路，形成了以工科为特色的，多学科相互支撑、良性互动的学科生态，支持科学研究和科技服务、鼓励创新的体制机制，取得了一批在国内外有较大影响的科技成果。截至2022年，东大作为第一完成人所在单位获得国家技术发明奖一等奖3项、二等奖41项、三等奖8项。学校有国家级科研平台14个，包含全国重点实验室3个，依托共建全国重点实验室1个，国家工程研究中心1个，国家技术创新中心1个，国家工程技术研究中心2个，国家地方联合工程研究中心3个等。东大已成为我国科学技术研究与辐射的重要基地。
东大将持续优化“强势工科、优势理科、精品文科、特色医科、提升新兴、强化交叉”的学科布局，大力加强学科建设，坚持产学研结合，打造高水平科技创新格局，使东南大学成为支撑国家和区域发展的创新源泉，为实现国家科技自立自强，推动经济社会发展做出重要贡献。
开放办学 面向世界
东南大学以开放办学和国际合作交流推动学校发展，走国际化强校之路，在高层次国际交流、学生国际化培养、国际重大科技合作、发展留学生教育，特别是与国际知名大学合作办学等方面取得了诸多突破，提升了学校的国际化水平和国际声誉。东南大学正以“全球高端、实质合作、引领发展”为方向，构建全方位、有重点、多层次、宽领域、高水平的国际交流合作格局。
2012年9月,东南大学-蒙纳什大学苏州联合研究生院揭牌，是国内第一个研究生培养层次的中外合作办学机构
东南大学围绕碳中和国家战略，创立了“东南大学长三角碳中和战略发展研究院”，牵头组建全球首个碳中和世界大学联盟。图为2022年5月29日，东南大学与英国伯明翰大学联合举办2022国际“碳中和”大学学术会议，黄如校长与南京市人民政府领导共同发布《碳中和世界大学联盟行动计划南京宣言》
科技报国 服务社会
东南大学坚定不移地走与国家和区域经济社会发展相结合的建设道路，主动服务社会，加强校企、校地合作，积极促进科技成果转化、推动产业转型升级，以合作求发展，以科技报国家。
东南大学牵头组建的国家集成电路设计自动化技术创新中心是我国集成电路设计领域第一个国家技术创新中心，江苏省由高校牵头建设的第一家领域类国家技术创新中心，南京市首个牵头建设的领域类国家技术创新中心
东南大学提高政治站位、强化责任担当，精心谋划，整合资源，积极推进，助力云南南华县如期退出贫困县，推进乡村振兴。
2021年10月19日至20日,东南大学定点帮扶工作领导小组组长、党委书记左惟赴云南省楚雄州南华县调研,研究落实乡村振兴帮扶工作
美丽东大 日新月异
在“211”“985”工程建设、广大校友和社会各界的关心支持下，学校办学经费逐年增长，办学条件显著改善，美丽东大，日新月异。
党建引领 踔厉奋进
“坚持党对高校的领导，加强和改进高校党的建设，是促进高等教育科学发展，建设教育强国的根本保证，是培养社会主义事业建设者和接班人的必然要求。”学校党委坚持和加强党的全面领导，坚持党要管党、全面从严治党，始终加强制度建设，不断提升管党治校能力，团结带领全校广大师生员工，为建设世界一流大学提供了可靠的思想保证和组织保证。
自1988年以来，东南大学共召开了六次党员代表大会。2022年5月16日，党委书记左惟作了《决胜攻坚期，踔厉开新局——为早日建成中国特色世界一流大学而努力奋斗》的报告
辉煌百年 盛世双甲
2002年，东南大学迎来了百年华诞。中共中央总书记、国家主席江泽民为东大建校百年题词：严谨求实团结奋进，把东南大学建设成一流人才和创新成果的培育基地。2002年5月31日，东南大学建校 100 周年庆祝大会在四牌楼大礼堂隆重举行，庆祝大会由胡凌云书记主持，校长顾冠群院士作了《秉承百年优良传统、开创世纪新的辉煌》的校庆报告，全国政协、江苏省、南京等13个设区市的领导同志、教育部直属高校、江苏及南京部分高校主要负责同志、30余所海外大学嘉宾与东大师生、校友共同出席了庆典大会。
东南大学建校100周年庆祝大会在大礼堂隆重举行
“风雅颂东南”——庆祝东南大学建校110周年专场演出
2022年6月6日，东南大学建校120周年庆祝大会在九龙湖校区体育馆隆重举行